Henrique Horta est diplômé de l'université ISCTE-IUL de Lisbonne et titulaire d'un master en relations internationales, dont la thèse portait sur l'adhésion de l'Ukraine à l'UE. Ses études universitaires lui ont permis d'acquérir des connaissances en démographie, en sciences politiques et en histoire, ce qui en fait un expert en sciences de la population. Henrique Horta parle également le portugais, l'espagnol, le français et l'anglais.