Henrique Horta vystudoval lisabonskou univerzitu ISCTE-IUL a získal magisterský titul v oboru mezinárodních vztahů, kde se ve své diplomové práci zaměřil na vstup Ukrajiny do EU. Během svého akademického studia získal znalosti z oblasti demografie, politologie a historie a je odborníkem na populační vědy. Henrique Horta hovoří také portugalsky, španělsky, francouzsky a anglicky.